汤姆·索亚是美国圣彼得斯堡小镇上一个淘气的机灵鬼。他父母早亡，随姨妈生活，而姨妈却管不住他。他不是那种听话本分的乖宝宝，他是镇上的孩子头儿，带他们玩“打仗”，搞恶作剧，喜欢马戏，会拿大顶，好幻想，想当兵或当牛仔，他在小伙伴眼中无所不能。最近，他又萌生了当海盗的念头。
汤姆有几个朋友：乔奇、班恩、吉姆，但最和他“臭味相投”的是镇上那个脏兮兮的流浪儿哈克。哈克的父亲是个酒鬼，从不管他，他就成了个无依无靠、游手好闲的“野孩子”。在镇民眼中，他是个无赖，而孩子们都觉得他是个有趣的伙伴。汤姆把当海盗的想法告诉了哈克。哈克说海盗都是些胆大的人，他们约定半夜到墓地去试试胆量。
汤姆假睡骗过姨妈，同哈克一同来到墓地。阴风吹拂下，他们目睹了一场斗杀：乔埃杀死了一个医生，又嫁祸给醉鬼彼得。两个孩子都害怕凶悍的乔埃，相互发誓决不开口。
胆量得到了检验，汤姆和乔奇带着从家中“偷”来的食物，叫上哈克来到密西西比河边，找到一个小木筏，划到下游的杰克逊岛。这里荒无人烟，成了三个“小海盗”的快乐大本营。晴朗的夜，明亮的星，灌木林丛，篝火野餐；没有了大人的训斥、牧师的教诲、法官的威严、老师的惩罚，有的是沙滩、草地、树林、鸟儿、松鼠、蝴蝶……他们无忧无虑、无拘无束，这里简直是一片乐土、净土！
镇上的人们找了他们好几天，急坏了，怎么也不见孩子们的踪影，渐渐地绝望了。星期日，镇民们在教堂为他们三人开追悼会。当人们悲情难抑之际，牧师发现三个调皮鬼若无其事地走进教堂，来到亲人的面前。
镇上要开庭审理彼得杀人案了，汤姆和哈克出庭为彼得作证，混在旁听席中的乔埃大惊，落荒而逃。汤姆和哈克成了小镇的英雄。
汤姆的冒险心一刻也没有消失过，他知道传说中海盗都会把金银财宝埋藏在干枯的老歪脖树下，他和哈克要去寻宝。有一天，他们来到鬼屋翻寻时，真的遇上了鬼——乔埃和一个陌生人来到这里，准备把抢来的金币藏起来。两个强盗商量着要把这些金币一同藏到“二号十字架下面”，这些话被藏在楼上的汤姆和哈克听得一清二楚。
汤姆的同桌贝琪是镇上大法官撒切尔先生的女儿。她央求父母约请同学们到山上野营，孩子们乘轮渡来到镇外的山上。
大家来到有趣的魔克托尔山洞。鱼贯而入的孩子们对这阴森神秘的山洞心生好奇又有点儿紧张，就连好冒险的汤姆也是第一次来。洞内岔路横生，如同迷宫一样。孩子们在洞中玩着，闹着，陆续从不同方向汇集到了山洞出口。
但汤姆和贝琪却在洞中迷路了。一心想当探险家的汤姆带着贝琪在洞中东窜西走，总也走不出去。贝琪害怕了。男孩子的勇气和智慧让汤姆有了信心，他安慰贝琪，耐心地寻找山洞的出口。
在洞中，汤姆意外遇到乔埃！那乔埃已是惊弓之鸟，听到汤姆的动静，撒腿就跑。汤姆带着贝琪终于找到了出口，与亲人们会合了。虚惊一场的两个孩子在休息了五六天后，汤姆到大法官家看望贝琪。撒切尔先生告诉他：为了防止再有人迷路，魔克托尔山洞的出口被封死了。汤姆说洞中还有逃犯乔埃呢！
镇上的人们再次拥向魔克托尔山洞，见到乔埃已在洞内倒毙多日了。
汤姆带哈克再次来到洞中寻宝，终于在一个刻有十字记号的大岩石下，挖出了乔埃埋藏的那些金币。
汤姆和哈克划着小船回镇上去了，他的历险该对镇上的人们产生怎样的震动啊！
精彩片段
到了礼拜二的黄昏，圣彼得斯堡镇仍然笼罩在一片悲伤之中，两个走失的孩子还没有找到。镇上的人们已经为他们作了公开的祈祷，还有许许多多的人私下里为这两个孩子作了祈祷，诚心诚意地保佑他们平平安安，但是依然没有从洞里传来好消息。大多数搜索的人已经放弃了搜寻孩子这件事，回到镇上继续干他们平日的活儿去了，他们认为孩子明摆着是找不回来了。撒切尔太太病得厉害，大部分时间都在说胡话。人们听见她呼喊孩子的声音，看见她每次抬起头侧耳听上整整一分钟，然后一边呻吟着一边软弱无力地倒下头去的情景，那真是让人心碎。波莉姨妈已经陷入了悲痛绝望之中，她那满头的灰发几乎全变白了。到了礼拜二晚上，镇上停止了一切活动，整个小镇被蒙上了悲痛与凄惨的阴影。
半夜时分，镇上传来了发疯般的钟声。不一会儿，街道上簇拥着欣喜若狂、衣衫不整的人群，他们高声喊着：“快来看！他俩被找回来了！”
这时，人们丁丁当当地敲响了铁碗铜盆，滴滴答答的喇叭声与人们的喧嚷声汇成了一片。人们成群结队地拥向河岸，去迎接那两个乘敞篷车归来的孩子，车子由欢呼着的村民拉着，簇拥着。前来迎接的人们加入了这支回小镇的队伍，他们迈着雄壮有力的步伐，浩浩荡荡地穿过大街，欢呼声一浪高过一浪！
整个小镇灯火通明，谁也没有再回去睡觉。这是这个小镇前所未有的最辉煌的一个夜晚。在找到孩子们后的半个小时，镇上的人排着队来到撒切尔法官家，搂着两个获救的孩子又亲又吻，同时还使劲握住撒切尔太太的手，满肚子的话想说又说不出，泪水如雨，洒了一地。
波莉姨妈真是高兴到了极点，撒切尔太太也是如此。然而，等派到山洞里的信使把这个喜讯报告给她的丈夫时，快乐才会变得十全十美。汤姆躺在一张沙发上，身边围满了热切的听众。他给他们讲着这次精彩的历险过程，同时还夸张地吹嘘了一番，最后又描述了他怎样离开贝琪去探险，如何在风筝线能达到的情况下顺着那两条通道向前探路，如何又去探索第三条通道，直到风筝线不够用了为止。正当他转身往回走时，他突然发现远处有一小块亮光，好像是太阳光。于是他放下风筝线朝它摸索着走了过去。他把肩和头从一个小洞中探了出来，竟看见宽阔的密西西比河正波浪滚滚地从下面流过！如果碰巧是晚上，他决不会看见那一小块太阳光，也就找不到这条通道了！他又讲述了他怎样回去找贝琪，告诉了她这个好消息，而她却让他别拿这些无聊的谎话来烦她了，因为她很累，知道自己快要死了，她也愿意死掉。他又讲了自己如何费尽口舌说服了她，当贝琪摸索着爬到洞口，看见那一小块太阳光时，怎样兴奋得不得了，她简直就要高兴死了。他还说自己怎样先爬出洞口，然后又帮助贝琪爬了出来，他们是如何坐在那里高兴得大声哭了起来，一些人怎样乘着小船打那儿经过，他俩又是怎样呼喊着他们，告诉他们自己的遭遇。他也描述了起初这些人如何不相信这荒唐离奇的故事。因为他们说：“你们是在河的下游，离那个峡谷里的山洞有五英里远呢。”然后他们就将他俩扶上船，划到一户人家，给他们吃了晚饭，让他们歇息了两三个小时，随后便把他们送回了家。
汤姆和贝琪很快发现，在洞里所遭受的三天三夜的疲劳和饥饿，是不可能马上恢复过来的。礼拜三和礼拜四整整两天他们一直卧床不起，好像越躺越难受，浑身没有一点儿力气。汤姆礼拜四稍微能下地活动一会儿，礼拜五就能到镇上逛逛了，到了礼拜六差不多完全恢复正常了。但贝琪直到礼拜天才能够到户外走走，看上去好像刚得了一场大病似的。
汤姆听说哈克病了，礼拜五便去看他，谁知道被挡在了门外，礼拜六、礼拜天一连两天也都没让他进去。过了礼拜天，他可以每天进去了，但是那家的人告诫他不能透露他的探险经过，也不要谈及任何令人兴奋的话题。道格拉斯寡妇守候在旁边，看汤姆是否遵守规定。回到家里，汤姆才听说卡迪夫山发生的事，还得知那个“衣衫褴褛的人”的尸体最后在渡船码头附近被发现了，很可能是在逃跑途中溺水而死的。
汤姆从洞里获救之后，大约过了两个礼拜，他又去看望哈克。哈克现在已经强壮多了，也不怕听令人激动的话题了。汤姆想，他正有一些话题是哈克感兴趣的。撒切尔法官的家离哈克住的地方不远，于是汤姆就顺道去看了看贝琪。法官和他的几个朋友逗他滔滔不绝地讲了起来，有的人还用嘲弄的口吻问他是否还想再去那个山洞走一趟。汤姆说，他认为他不会在意的。
法官说：“还有一些人和你一样想去山洞看看呢，汤姆，这一点我是毫无疑问的。但是我们已经采取了防范措施，以后谁也不会再在那个山洞里迷路了。”
“为什么？”
“因为两周前我就找人用锅炉钢板把山洞的洞口封上了，然后又上了三道锁，钥匙在我这里。”
汤姆的脸立刻变得煞白。
“怎么了，孩子！喂，快来人哪！快拿杯水来！”
